PubMed

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PubMed
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Centre de rechercheBibliothèque nationale de médecine des États-Unis (NLM)
Date de sortieJanvier 1996 ; Il y a 25 ans ( 1996-01 )
Accéder
Site Internetpubmed .ncbi .nlm .nih .gov

PubMed est un moteur de recherche gratuit qui accède principalement à la base de données MEDLINE de références et de résumés sur les sciences de la vie et les sujets biomédicaux. La Bibliothèque nationale de médecine des États-Unis (NLM) des National Institutes of Health gère la base de données dans le cadre du système de recherche d'informations Entrez . [1]

De 1971 à 1997, l'accès en ligne à la base de données MEDLINE s'est fait principalement par le biais d'installations institutionnelles, telles que les bibliothèques universitaires . [2] PubMed, sorti pour la première fois en janvier 1996, a inauguré l'ère de la recherche MEDLINE privée, gratuite, à domicile et au bureau. [3] Le système PubMed a été offert gratuitement au public à partir de juin 1997. [2]

Contenu [ modifier ]

En plus de MEDLINE, PubMed donne accès à:

  • références plus anciennes de la version imprimée d' Index Medicus , remontant à 1951 et avant
  • références à certaines revues avant leur indexation dans Index Medicus et MEDLINE, par exemple Science , BMJ et Annals of Surgery
  • entrées très récentes dans les enregistrements d'un article avant qu'il ne soit indexé avec les vedettes-matières médicales (MeSH) et ajouté à MEDLINE
  • une collection de livres disponibles en texte intégral et d'autres sous-ensembles d'enregistrements NLM [4]
  • Citations PMC
  • Bibliothèque NCBI

De nombreux enregistrements PubMed contiennent des liens vers des articles en texte intégral, dont certains sont disponibles gratuitement, souvent dans PubMed Central [5] et des miroirs locaux, tels que Europe PubMed Central . [6]

Des informations sur les revues indexées dans MEDLINE et disponibles via PubMed se trouvent dans le Catalogue NLM. [7]

Au 27 janvier 2020 , PubMed comptait plus de 30 millions de citations et résumés datant de 1966, sélectivement jusqu'en 1865 et très sélectivement jusqu'en 1809. À la même date , 20 millions de notices de PubMed sont répertoriées avec leurs résumés, et 21,5 millions d'enregistrements contiennent des liens vers des versions en texte intégral (dont 7,5 millions d'articles sont disponibles, en texte intégral gratuitement). [8] Au cours des 10 dernières années (se terminant le 31 décembre 2019), une moyenne de près d'un million de nouveaux enregistrements ont été ajoutés chaque année. Environ 12% des enregistrements dans PubMed correspondent à des entrées liées au cancer, qui sont passées de 6% dans les années 1950 à 16% en 2016. [9] Une autre proportion significative d'enregistrements correspond à la «chimie» (8,69%), «thérapie "(8,39%) et" infection "(5%).[citation nécessaire ]

En 2016, NLM a modifié le système d'indexation afin que les éditeurs puissent corriger directement les fautes de frappe et les erreurs dans les articles indexés PubMed. [dix]

Il a été rapporté que PubMed incluait certains articles publiés dans des revues prédatrices. Les politiques de MEDLINE et de PubMed pour la sélection des revues à inclure dans la base de données sont légèrement différentes. Les faiblesses des critères et des procédures d'indexation des revues dans PubMed Central peuvent permettre aux publications de revues prédatrices de s'infiltrer dans PubMed. [11]

Caractéristiques [ modifier ]

Création de site web [ modifier ]

Une nouvelle interface PubMed a été lancée en octobre 2009 et a encouragé l'utilisation de telles formulations de recherche rapides de type Google; elles ont également été décrites comme des recherches par «télégramme». [12] Par défaut, les résultats sont triés par Plus récent, mais cela peut être changé en Meilleure correspondance, Date de publication, Premier auteur, Dernier auteur, Journal ou Titre. [13]

La conception et le domaine du site Web PubMed ont été mis à jour en janvier 2020 et sont devenus par défaut le 15 mai 2020, avec les nouvelles fonctionnalités mises à jour. [14] Il y a eu une réaction critique de la part de nombreux chercheurs qui utilisent fréquemment le site. [15]

PubMed pour ordinateurs de poche / Mobiles [ modifier ]

PubMed / MEDLINE est accessible via des appareils portables, en utilisant par exemple l' option "PICO" (pour des questions cliniques ciblées) créée par le NLM. [16] Une option "PubMed Mobile", donnant accès à une version PubMed simplifiée et conviviale pour les mobiles, est également disponible. [17]

Rechercher [ modifier ]

Recherche standard [ modifier ]

Des recherches simples sur PubMed peuvent être effectuées en saisissant des aspects clés d'un sujet dans la fenêtre de recherche de PubMed.

PubMed traduit cette formulation de recherche initiale et ajoute automatiquement les noms de champs, les termes MeSH (Medical Subject Headings) pertinents, les synonymes, les opérateurs booléens et `` imbrique '' les termes résultants de manière appropriée, améliorant considérablement la formulation de recherche, en particulier en combinant régulièrement (en utilisant le OU opérateur) textwords et termes MeSH.

Les exemples donnés dans un tutoriel PubMed [18] montrent comment ce processus automatique fonctionne:

Causes Sleep Walking est traduit par ("étiologie" [sous-titre] OU "étiologie" [Tous les champs] OU "causes" [Tous les champs] OU "causalité" [Termes MeSH] OU "causalité" [Tous les champs]) ET ("somnambulisme "[Termes MeSH] OU" somnambulisme "[Tous les champs] OU (" dormir "[Tous les champs] ET" marcher "[Tous les champs]) OU" dormir en marchant "[Tous les champs])

De même,

soft Attack Aspirin Prevention est traduit par ("infarctus du myocarde" [Termes MeSH] OU ("myocardial" [Tous les champs] ET "infarctus" [Tous les champs]) OU "infarctus du myocarde" [Tous les champs] OU ("coeur" [Tous Champs] ET "attaque" [Tous les champs]) OU "crise cardiaque" [Tous les champs]) ET ("aspirine" [Termes MeSH] OU "aspirine" [Tous les champs]) ET ("prévention et contrôle" [Sous-titre] OU ("prévention" [Tous les champs] ET "contrôle" [Tous les champs]) OU "prévention et contrôle" [Tous les champs] OU "prévention" [Tous les champs])

Recherche complète [ modifier ]

Pour des recherches optimales dans PubMed, il est nécessaire de comprendre son composant de base, MEDLINE, et surtout le vocabulaire contrôlé MeSH (Medical Subject Headings) utilisé pour indexer les articles MEDLINE. Ils peuvent également nécessiter des stratégies de recherche complexes, l'utilisation de noms de champs (balises), une utilisation appropriée des limites et d'autres fonctionnalités; les bibliothécaires de référence et les spécialistes de la recherche offrent des services de recherche. [19] [20]

La recherche dans la fenêtre de recherche de PubMed n'est recommandée que pour la recherche de sujets non équivoques ou de nouvelles interventions qui n'ont pas encore de rubrique MeSH créée, ainsi que pour la recherche de marques commerciales de médicaments et de noms propres. Il est également utile lorsqu'il n'y a pas de titre approprié ou que le descripteur représente un aspect partiel. La recherche à l'aide du thésaurus MeSH est plus précise et donnera moins de résultats non pertinents. De plus, cela évite l'inconvénient de la recherche de texte libre dans laquelle les différences d'orthographe, singulier / pluriel ou abrégé doivent être prises en compte. Par contre, les articles plus récemment incorporés dans la base de données auxquels des descripteurs n'ont pas encore été attribués ne seront pas trouvés. Par conséquent, pour garantir une recherche exhaustive,une combinaison d'en-têtes de langue contrôlés et de termes en texte libre doit être utilisée.[21]

Paramètres de l' article Journal [ modifier ]

Lorsqu'un article de revue est indexé, de nombreux paramètres d'article sont extraits et stockés sous forme d'informations structurées. Ces paramètres sont: le type d'article (termes MeSH, par exemple, «essai clinique»), les identifiants secondaires (termes MeSH), la langue, le pays de la revue ou l'historique de publication (date de publication électronique, date de publication de la revue imprimée).

Type de publication: requêtes cliniques / revues systématiques [ modifier ]

Le paramètre de type de publication permet une recherche par type de publication , y compris des rapports de divers types de recherche clinique. [22]

ID secondaire [ modifier ]

Depuis juillet 2005, le processus d'indexation des articles MEDLINE extrait les identifiants du résumé de l'article et les place dans un champ appelé Identificateur secondaire (SI). Le champ d'identificateur secondaire sert à stocker les numéros d'accès à diverses bases de données de données de séquence moléculaire, d'expression génique ou de composés chimiques et d'identifiants d'essais cliniques. Pour les essais cliniques, PubMed extrait les identifiants d'essais pour les deux plus grands registres d'essais: ClinicalTrials.gov (identifiant NCT) et le registre international standard des numéros d'essais contrôlés randomisés (identifiant IRCTN). [23]

Voir aussi [ modifier ]

Une référence jugée particulièrement pertinente peut être marquée et des "articles apparentés" peuvent être identifiés. Le cas échéant, plusieurs études peuvent être sélectionnées et des articles liés à chacune d'entre elles peuvent être générés (sur PubMed ou sur l'une des autres bases de données NCBI Entrez) en utilisant l'option «Rechercher les données associées». Les articles associés sont ensuite classés par «lien de parenté». Pour créer ces listes d'articles connexes, PubMed compare les mots du titre et du résumé de chaque citation, ainsi que les en-têtes MeSH attribués, à l'aide d'un puissant algorithme pondéré par mots. [24] La fonction des «articles liés» a été jugée si précise que les auteurs d'un article ont suggéré qu'elle pouvait être utilisée au lieu d'une recherche complète. [25]

Mise en correspondance des MeSH [ modifier ]

PubMed est automatiquement lié aux termes et sous-titres MeSH. Exemples: «mauvaise haleine» renvoie à (et inclut dans la recherche) «halitose», «crise cardiaque» à «infarctus du myocarde», «cancer du sein» aux «néoplasmes du sein». Le cas échéant, ces termes MeSH sont automatiquement "développés", c'est-à-dire qu'ils incluent des termes plus spécifiques. Des termes tels que «soins infirmiers» sont automatiquement liés à «soins infirmiers [MeSH]» ou «soins infirmiers [sous-titre]». Cette fonction s'appelle Auto Term Mapping et est activée, par défaut, dans la recherche de texte libre mais pas la recherche de phrase exacte (c'est-à-dire en mettant la requête de recherche entre guillemets).[26] Cette fonctionnalité rend les recherches PubMed plus sensibles et évite les faux négatifs (manqués) en compensant la diversité de la terminologie médicale. [26]

PubMed n'applique pas le mappage automatique du terme dans les circonstances suivantes: en écrivant la phrase citée (par exemple, "allogreffe de rein"), lorsqu'elle est tronquée sur l'astérisque (par exemple, allogreffe de rein *), et lors de la recherche avec des étiquettes de champ (par exemple, Cancer [ti]). [21]

My NCBI [ modifier ]

La fonction optionnelle PubMed "Mon NCBI" (avec inscription gratuite) fournit des outils pour

  • enregistrement des recherches
  • filtrage des résultats de recherche
  • mise en place de mises à jour automatiques envoyées par e-mail
  • enregistrement des ensembles de références récupérés dans le cadre d'une recherche PubMed
  • configuration des formats d'affichage ou mise en évidence des termes de recherche

et une large gamme d'autres options. [27] La zone «Mon NCBI» est accessible à partir de n'importe quel ordinateur avec accès Web. Une version antérieure de "My NCBI" s'appelait "PubMed Cubby". [28]

LinkOut [ modifier ]

LinkOut, une fonction NLM permettant de lier (et de rendre disponible le texte intégral) des collections de revues locales. [29] Quelque 3 200 sites (principalement des établissements universitaires) participent à cette installation de NLM (en mars 2010 ), de l'Université d'Aalborg au Danemark à ZymoGenetics à Seattle. [30] Les utilisateurs de ces institutions voient le logo de leur institution dans le résultat de la recherche PubMed (si la revue est conservée dans cette institution) et peuvent accéder au texte intégral. Link out est en cours de consolidation avec Outside Tool à compter de la mise à jour majeure de la plate-forme à l'été 2019. [31]

PubMed Commons [ modifier ]

En 2016, PubMed permet aux auteurs d'articles de commenter les articles indexés par PubMed. Cette fonctionnalité a été initialement testée en mode pilote (depuis 2013) et a été rendue permanente en 2016. [32] En février 2018, PubMed Commons a été interrompu en raison du fait que «l'utilisation est restée minime». [33] [34]

askMEDLINE [ modifier ]

askMEDLINE, un outil de requête en langage naturel en texte libre pour MEDLINE / PubMed, développé par le NLM, également adapté aux ordinateurs de poche. [35]

Identifiant PubMed [ modifier ]

Un PMID (identifiant PubMed ou identifiant unique PubMed) [36] est une valeur entière unique , commençant à 1, attribuée à chaque enregistrement PubMed. Un PMID est pas identique à un PMCID ( P ub M ed C entral id entifier) qui est l'identificateur de tous les travaux publiés dans la connexion d'accès PubMed Central . [37]

L'attribution d'un PMID ou PMCID à une publication ne dit rien au lecteur sur le type ou la qualité du contenu. PMIDs sont affectées aux lettres à l'éditeur , avis éditorial, op-ed colonnes, et toute autre pièce que l'éditeur choisit d'inclure dans le journal, ainsi que des documents évalués par des pairs. L'existence du numéro d'identification ne prouve pas non plus que les papiers n'ont pas été retirés pour fraude, incompétence ou faute. L'annonce de toute correction des articles originaux peut se voir attribuer un PMID.

Chaque numéro saisi dans la fenêtre de recherche PubMed est traité par défaut comme s'il s'agissait d'un PMID. Par conséquent, toute référence dans PubMed peut être localisée à l'aide du PMID.

Interfaces alternatives [ modifier ]

MEDLINE est l'une des bases de données accessibles via PubMed. Plusieurs entreprises donnent accès à MEDLINE via leurs plateformes.

La National Library of Medicine loue les informations MEDLINE à un certain nombre de fournisseurs privés tels que Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder et de nombreux autres fournisseurs commerciaux, non commerciaux et universitaires. [38] En octobre 2008 , plus de 500 licences avaient été délivrées, dont plus de 200 à des fournisseurs en dehors des États-Unis. Comme les licences pour utiliser les données MEDLINE sont disponibles gratuitement, le NLM fournit en fait un terrain d'essai gratuit pour un large éventail [39] d'interfaces alternatives et des ajouts tiers à PubMed, l'une des très rares grandes bases de données organisées par des professionnels qui offre cela option.

Lu [39] identifie un échantillon de 28 versions Web actuelles et gratuites de PubMed, ne nécessitant aucune installation ni enregistrement, qui sont regroupées en quatre catégories:

  1. Classement des résultats de recherche, par exemple: eTBLAST ; MedlineRanker; [40] MiSearch; [41]
  2. Regroupement des résultats par thèmes, auteurs, revues, etc., par exemple: Anne O'Tate ; [42] ClusterMed; [43]
  3. Amélioration de la sémantique et de la visualisation, par exemple: EBIMed; [44] MedEvi. [45]
  4. Amélioration de l'interface de recherche et de l'expérience de récupération, par exemple askMEDLINE [46] [47] BabelMeSH; [48] et PubCrawler. [49]

Comme la plupart de ces alternatives et d'autres reposent essentiellement sur des données PubMed / MEDLINE louées sous licence du NLM / PubMed, le terme «dérivés PubMed» a été suggéré. [39] Sans avoir besoin de stocker environ 90 Go d'ensembles de données PubMed originaux, n'importe qui peut écrire des applications PubMed à l'aide de l'interface du programme eutils-application comme décrit dans «Les utilitaires électroniques en profondeur: paramètres, syntaxe et plus», par Eric Sayers , PhD. [50] Divers générateurs de formats de citation, prenant les numéros PMID en entrée, sont des exemples d'applications Web utilisant l'interface du programme eutils-application. Des exemples de pages Web incluent Citation Generator - Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator - Ultrasound of the Week , PMID2cite etCite-moi ça .

L' exploration de données de PubMed [ modifier ]

D' autres méthodes d'exploiter les données dans PubMed utiliser des environnements de programmation tels que Matlab , Python ou R . Dans ces cas, les requêtes de PubMed sont écrites sous forme de lignes de code et transmises à PubMed et la réponse est ensuite traitée directement dans l'environnement de programmation. Le code peut être automatisé pour des requêtes systématiques avec différents mots-clés tels que maladie, année, organes, etc. Une publication récente (2017) a révélé que la proportion d'entrées liées au cancer dans PubMed est passée de 6% dans les années 1950 à 16% en 2016 . [9]

Les données accessibles par PubMed peuvent être mises en miroir localement à l'aide d'un outil non officiel tel que MEDOC. [51]

Des millions d'enregistrements PubMed enrichissent divers ensembles de données de données ouvertes sur le libre accès , comme Unpaywall . Des outils d'analyse de données comme Unpaywall revues sont utilisées par les bibliothèques pour aider à une grosse affaire annulations: les bibliothèques peuvent éviter les souscriptions pour les matériaux déjà desservis par instant libre accès via des archives ouvertes comme PubMed Central. [52]

Voir aussi [ modifier ]

Références [ modifier ]

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Liens externes [ modifier ]